Template: SRS043701_LANL_scaffold_31205 strand: - 3584-3695 ref: 3575-3696 Variable: SRS043701_LANL_scaffold_31205 strand: - 3811-3922 alnlen 111 mutations 25 involve-A 25 involve-T 0 3695 TGTCACTAAATTAGGTGCTAATTGGAATAATGGCTTGAATACCAGTGCTTTCTATTGGAATCTGAATAATGCTTCTTCTAATCGTAATCGGAATATCAGCAGTCAGTTAGT (revcomp) :::: :: ::: ::::::: :::: : ::::::: : :: ::::::::::::::: :::: :: :::::::::: ::::: ::::: :::: :: ::: ::: :: 3922 TGTCGCTGGATTGGGTGCTAGTTGGGGTGGTGGCTTGGCTGCCGGTGCTTTCTATTGGAGTCTGGGTAGTGCTTCTTCTGTTCGTAGTCGGAGTATCGGCGGTCGGTTGGT (revcomp)